สน.ผชท.ทร.ไทย/จาการ์ตา เริ่มเปิดทำการครั้งแรกเมื่อ ๒๕ ม.ค.๑๔ โดยมี น.อ.ดุสิต สิทธิศิริดำรงตำแหน่งเป็น ผชท.ทร.ไทย/จาการ์ตา คนแรก ต่อมา ระหว่าง ๑ ต.ค.๔๑ – ๓๐ ก.ย.๕๐ ได้ปิดการบรรจุ ผชท.ทร.ไทย/จาการ์ตา และ เสมียน สน.ผชท.ทร.ไทย/จาการ์ตา จนกระทั่ง ๑ ต.ค.๕๐ จึงได้เปิดการบรรจุตำแหน่ง ดังกล่าวอีกครั้งจนถึงปัจจุบัน